לאחר מלחמת העולם השנייה, חלק גדול של היהודים שהיו ביפן עזבו ועלו למדינת ישראל. היהודים שהחליטו להישאר, התחתנו עם המקומיים והתבוללו בתוך החברה היפנית.
בהווה, יש כמה מאות משפחות בטוקיו ומספר קטן של משפחות יהודיות שחיות בקובה ומסביב לה. בנוסף, יש קצת יהודים המשרתים בצבא ארצות הברית שנמצאים באוקינאווה ובסיסים צבאיים אחרים של אמריקה ברחבי יפן. חלק מהיהודים המתגוררים ביפן הם ישראלים שהגיעו בעקבות סיבות עסקיות. ישנם מרכזים קהילתיים התומכים בקהילות היהודיות ברחבי יפן ובייחוד בטוקיו ובקובה, בהם בתי חב"ד: בית חב”ד מינאטו סיטי – טוקיו
שעות פתיחה: 09:00-22:00 טלפון: 81357892846+ אימייל: rabbi@chabad.jp אתר אינטרנט פייסבוק ניווט מנוהל ע״י: הרב מנדי סודקביץ
בית חב”ד אוטה סיטי – טוקיו טלפון: 81337727707+ אימייל: chabadtokyo@gmail.com אתר אינטרנט פייסבוק ניווט
וואטסאפ
מנוהל ע״י: הרב בנימין אדרעי
בית חב”ד קיוטו
שעות פתיחה: 08:00-22:30
+819036847707 chabadkyoto@gmail.com
בית חב”ד קובה
טלפון: 81782427254+ אימייל: vshmulik770@gmail.com
מנוהל ע״י: הרב שמוליק וישצקי